Medardo Čoboto trečiojo amžiaus universiteto (MČTAU) misija yra teikti socialinę visuomenės narių švietimo paslaugą, skleisti mokslo žinias bei kultūros vertybes, demokratines teisingumo idėjas, puoselėti demokratinius visuomenės ir valstybės gyvenimo principus ir procesus. Įgyvendindamas šią misiją, MČTAU prisideda prie išsilavinusios, mokslui, inovacijoms bei kultūros vertybėms imlios asmenybės ir visuomenės ugdymo, šalies dvasinio ir materialiojo klestėjimo sąlygų kūrimo.
MČTAU – tai savarankiška, savanoriška visuomeninė organizacija, neformaliojo suaugusiųjų švietimo institucija, savo veikla užtikrinanti vyresnio amžiaus žmonių integraciją į visuomenę. MČTAU veikla grindžiama teisingumo, sąžiningumo, proporcingumo, pagarbos asmens teisėms ir laisvėms, visapusiško asmenybės ugdymo, atvirumo ir naudingumo visuomenei principais.
Savo veikloje MČTAU vadovaujasi Lietuvos Respublikos Konstitucija, Neformaliojo suaugusiųjų švietimo ir tęstinio mokymosi įstatymu, MČTAU įstatais, veiklos Reglamentu, Rektorato nutarimais, kitais galiojančiais teisės aktais.
MČTAU bendradarbiauja su Lietuvos Respublikos valstybės institucijomis suaugusiųjų neformalaus ugdymo klausimais. Plėtoja bendradarbiavimo ryšius su kitomis mokslo institucijomis, socialiniais ir verslo partneriais.
MČTAU siekia tapti aukštą reputaciją turinčiu, vyresnio amžiaus žmonėms (senjorams) patraukliu studijų ir švietimo centru, savo veikla užtikrinančiu vyresnio amžiaus žmonių geresnę socialinę integraciją į visuomenę.